由于现有自来水、井水等中含有各中不利于食品制造的离子、物等，根据不同情况可以选用不同的工艺，有的只需要过滤出颗粒杂质，有的要脱除水的异味，有的要脱除水中的离子杂质。根据这些要求现在使用量比较大的工艺是反渗透纯水处理工艺，

其流程如下：

1、原水→原水加压泵→石英砂过滤器→活性炭过滤器→软水器(可选)→保安过滤器→一级反渗透设备→无菌纯水箱→纯水增压泵→紫外线器→微孔过滤器→EDI系统→无菌纯化水箱→臭氧器→纯化水增压泵→臭氧器→紫外线器→微孔过滤器→纯水用水点

2、原水→原水加压泵→石英砂过滤器→活性炭过滤器→软水器(可选)→保安过滤器→级反渗透→纯水箱→纯水增压泵→二级反渗透→无菌纯化水箱→臭氧器→纯化水增压泵→臭氧器→紫外线器→微孔过滤器→纯水用水点